corrplot показывает незначительные коэффициенты корреляции, даже если установлен insig = «blank»
Мне нравится использовать корреляционный график, используяcorrplot
функция с коэффициентами корреляции, напечатанными в ячейках (используяaddCoef.col
а такжеaddCoefasPercent = TRUE
). Мне также нравится удалять незначительные корреляции из сюжета (используяinsig = "blank"
). Проблема в том, что это работает только для цвета фона, но не для самого коэффициента, поэтому сам коэффициент все еще печатается! Увидеть:
set.seed(123)
par(cex=0.8) # trick for cor. coef font size, see http://stackoverflow.com/q/26574054/684229
col1 <-rainbow(100, s = 1, v = 1, start = 0, end = 0.9, alpha = 1)
test <- matrix(data=rnorm(400),nrow=20,ncol=20)
cor.mtest <- function(mat, conf.level = 0.95){
mat <- as.matrix(mat)
n <- ncol(mat)
p.mat <- lowCI.mat <- uppCI.mat <- matrix(NA, n, n)
diag(p.mat) <- 0
diag(lowCI.mat) <- diag(uppCI.mat) <- 1
for(i in 1:(n-1)){
for(j in (i+1):n){
tmp <- cor.test(mat[,i], mat[,j], conf.level = conf.level)
p.mat[i,j] <- p.mat[j,i] <- tmp$p.value
lowCI.mat[i,j] <- lowCI.mat[j,i] <- tmp$conf.int[1]
uppCI.mat[i,j] <- uppCI.mat[j,i] <- tmp$conf.int[2]
}
}
return(list(p.mat, lowCI.mat, uppCI.mat))
}
cor1 <- cor.mtest(test, 0.95)
corrplot(cor(test), p.mat = cor1[[1]], insig = "blank", method = "color", addCoef.col="grey",
order = "AOE", tl.cex = 1/par("cex"),
cl.cex = 1/par("cex"), addCoefasPercent = TRUE)
Теперь вы можете видеть, что коэффициенты печатаются также для незначительных ячеек:
Просто чтобы увидеть, какие ячейки незначительны, вы можете использовать эту команду:
corrplot(cor(test), p.mat = cor1[[1]], insig = "pch", method = "color", addCoef.col="grey",
order = "AOE", tl.cex = 1/par("cex"),
cl.cex = 1/par("cex"), addCoefasPercent = TRUE)
Возможно, это ошибка пакета corrplot?
Как избавиться от печати коэффициента в незначительных ячейках?