В документации Mongodump указано, что вы можете создать дамп, используя определенный запрос

то есть

mongodump --host localhost --db mydb --collection testCollection --query "{SomeKey: 'some value'}"

Я храню поля _ids как BinData, возможно ли сделать запрос по этому поводу?

я пробовал

mongodump --host localhost --db mydb --collection testCollection --query "{_id: 'BinData(3,ryBRQ+Px0kGRsZofJhHgqg==)'}"

Без удачи.