После обновления Java до 7u45 в системных настройках Neo4j все еще предупреждал меня об использовании неправильной версии:

WARNING! You are using an unsupported Java runtime. Please use Oracle(R) Java(TM) Runtime Environment 7.

Я хочу использовать neo4j v2, который не поддерживает Java 6, поэтому мне нужно было это исправить.