Я пытаюсь добавить изображения химической структуры к некоторым графикам, которые я создал. Я использую базу данных ACToR для доступа к химическим структурам. Например:

(http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7)

Хорошая вещь об этом сайте - вы можете изменить размер и химическое вещество в URL, чтобы я мог автоматизировать захват изображений. Я надеялся сохранить объект, содержащий номера CAS, а затем перебрать номера CAS, чтобы составить графики.

Например:

library(png)
casnums <- ("80-05-7","77-40-7","1478-61-1")
image.list <- list()
for(cas in casnums){
  image.list[[cas]] <- readPNG(paste0("http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw1000%2Ch1000&casrn=",cas))
}

Я пытался использоватьreadPNG изpng пакет, и попытался использоватьrgdal пакет, а также. К сожалению, насколько я могу судить, ACToR будет генерировать изображения только в формате PNG или JPEG, поэтому я не могу использоватьgrImport пакет для чтения векторных изображений.

Я действительно надеюсь найти решение, при котором мне не нужно вручную загружать каждое изображение - их много. Я был бы открыт для решения, где R идет и загружает изображения в папку, тогда я мог бы использовать что-то вродеpng пакет илиrgdal Пакет для загрузки изображения и построения их.

В ответ на @ialm: Вот что я попробовал после вашего первого комментария:

> download.file(url="http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7",destfile="test.png")
trying URL 'http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7'
Content type 'image/png' length 200 bytes
opened URL
downloaded 6691 bytes

Warning message:
In download.file(url = "http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7",  :
  downloaded length 6691 != reported length 200

Когда я открываю изображение, его размер составляет всего 7 КБ, и в средстве просмотра изображений появляется следующее сообщение: «Средство просмотра фотографий Windows не может открыть это изображение, поскольку файл кажется поврежденным, поврежденным или слишком большим».

Я должен отметить, что я (против своей воли) использую Windows 7. Я также попытался использовать и RStudio, и R. RStudio дал мне предупреждающее сообщение, а R - нет, но R создал то, что выглядит как один и тот же файл (7 КБ) и до сих пор не открывается.

В ответ на @Greg Snow: просто чтобы добавить контекст, я запустил следующее из свежей консоли R в RStudio. Я использовал 64-битный Rv3.0.1 и 64-битный RStudio v0.97.551.

> library(png)
> search()
 [1] ".GlobalEnv"        "package:png"       "tools:rstudio"     "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices"
 [7] "package:utils"     "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"     
> con <- url("http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw1000%2Ch1000&casrn=1478-61-1",open='rb')
> rawpng <- readBin(con, what='raw', n=1e6)
> close(con)
> png1 <- readPNG(rawpng)
Error in readPNG(rawpng) : libpng error: bad adaptive filter value
> ls()
[1] "con"    "rawpng"