Вэто Например, они создаютpersonSchema с помощьюObjectId ссылаться наStory и это я понимаю. Но тогда вstorySchema почему они не делают то же самое, чтобы ссылаться на человека?

Или наоборот: зачем использовать ObjectId вместо Number in Person?

var mongoose = require('mongoose')
  , Schema = mongoose.Schema

var personSchema = Schema({
  _id     : Number,
  name    : String,
  age     : Number,
  stories : [{ type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'Story' }]
});

var storySchema = Schema({
  _creator : { type: Number, ref: 'Person' },
  title    : String,
  fans     : [{ type: Number, ref: 'Person' }]
});

var Story  = mongoose.model('Story', storySchema);
var Person = mongoose.model('Person', personSchema);