Я пробую небольшую вариациюэто, за исключением того, что я говорю awk, что разделителем файла, который нужно разделить на основе 5-го поля, может быть двоеточие ":" или табуляция \ t. Я делаюawk -F '[:\t]' одна часть, это действительно печатает правильное поле за 5 $.

Однако, когда я пытаюсь включить это в большую команду, она возвращает следующую ошибку:

                                                             print > f
awk: cmd. line:9:                                            ^ syntax error

Это код:

awk -F '[:\t]' '    # read the list of numbers in Tile_Number_List
    FNR == NR {
        num[$1]
        next
    }

    # process each line of the .BAM file
    # any lines with an "unknown" $5 will be ignored
    $5 in num {
        f = "Alignments_" $5 ".sam"        print > f
    } ' Tile_Number_List.txt little.sam

Почему он не работает с опцией -F?