Таким образом, в массивах numpy есть встроенная функция для получения диагональных индексов, но я не могу понять, как получить диагональ, начиная сверху справа, а не сверху слева.

Это нормальный код, который начинается с левого верхнего угла:

>>> import numpy as np
>>> array = np.arange(25).reshape(5,5)
>>> diagonal = np.diag_indices(5)
>>> array
array([[ 0,  1,  2,  3,  4],
   [ 5,  6,  7,  8,  9],
   [10, 11, 12, 13, 14],
   [15, 16, 17, 18, 19],
   [20, 21, 22, 23, 24]])
>>> array[diagonal]
array([ 0,  6, 12, 18, 24])

так что мне использовать, если я хочу, чтобы он вернулся:

array([ 4,  8, 12, 16, 20])