Как и в моем наборе данных, у Leakage есть два значения 1,0. Всего около 300 строк с 1, а дополнительные в 569378 строк с 1. Это будет причиной того, что я только что получил 1 корень в результате rpart.

Как я могу решить это?

fm.pipe printcp(CART.fit)

Regression tree:
rpart(formula = fm.pipe, data = Data)

Variables actually used in tree construction:
character(0)

Root node error: 299.84/569378 = 0.00052661

n= 569378 

         CP nsplit rel error xerror xstd
1 0.0033246      0         1      0    0