У меня есть некоторые проблемы, чтобы вызвать программу командной строки под названием molconvert из R, используяsystem() в винде. Молконверт находится в"C:\Program Files\ChemAxon\MarvinBeans\bin" Затем я хотел бы призватьsystem() или жеshell() подражать тому, что я достиг бы, набрав

molconvert pdb "C:\molecule conversions\cembrene A.mol"

в командной строке и получить полученный результат обратно в R, как в

out=system(...,intern=T)

Кажется, у меня проблемы с обратными слешами и пробелами в дорожках. Я пробовал с

dirmolconvert="C:\\Program Files\\ChemAxon\\MarvinBeans\\bin"
shell(shQuote(paste(dirmolconvert,"\\molconvert pdb "C:\\cembrene A.mol",sep="")))

но это дает мне "Ошибка: неожиданный символ в ... » и избегая также неТ помочь. Есть мысли о том, как мне решить эту проблему?

или же

system(paste(dirmolconvert,"\\molconvert pdb \"C:\\cembrene A.mol\"",sep=""), intern=T)

но это дает мне

'C:\Program' not found

Какие-нибудь мысли?

Изменить: на основе ответа ниже правильный способ сделать это, по-видимому,

inputdir="C:/Users/Ento/Documents/GCMS/molconvert test"
molconvertdir="C:/Program Files/ChemAxon/MarvinBeans/bin"
molecule="cembrene A.mol"
out=system(paste(shQuote(file.path(molconvertdir, "molconvert.bat")),
             "pdb",
             shQuote(file.path(inputdir,molecule))),intern=T)