Eu gostaria de encontrar algum tipo de resposta definitiva para as seguintes perguntas:

A transparência alfa é suportada em codecs baseados em MPEG-4?Existe alguma maneira de estar razoavelmente certo de que não há canal alfa a partir da saída deffprobe?

Alguns links que encontrei sobre o assunto:

https://stackoverflow.com/a/5057631/476716

Além disso, as camadas alfa transparentes, uma parte opcional da especificação H.264, agora são suportadas em filmes QuickTime baseados em H.264.

http://software.intel.com/pt-br/articles/alpha-channel-support-in-the-h264-decoder-in-ipp/

O suporte para o canal alfa no decodificador H.264 está agora disponível na versão Intel® Integrated Performance Primitives 6.0.

http://forums.creativecow.net/readpost/335/30475

O perfil MPEG4 Simple Studio suporta canais auxiliares, que podem ser usados ​​para alfa ou profundidade - e presumivelmente até mesmo deslocamento, vetores de movimento, normais, etc.

No entanto, eu nunca vi um exemplo concreto, ou mesmo qualquer detalhe sobre como você usa esses recursos anunciados.