Ao acessar um banco de dados MySQL a partir do PHP, parece haver várias maneiras:

Sprinkle the code with raw SQL-statements
Use the VO-pattern from Java (e.g. DB_DataObjects from PEAR)
DIY and write a script that auto-generates one PHP class per database 

Além disso, eu também li sobreLINQ in .NET mas não o vi implementado emPHP.

Que outros padrões existem?

Se você começou a construir um site hoje do zero, qual deles escolheria?

Clarificação: Não se trata de camadas de abstração de banco de dados (DOP, MDB2). O padrão discutido aqui é algo que você cria no PDO ou MDB