Posso usar o gS do mSysGit e do Cygwin?

pós migrar para o Windows, estou usando o msysgit com seu shell bash incluído, e isso está funcionando bem para mim. Mas eu tenho problemas: nosso processo de construção de formigas não será executado nesse shell, eu gostaria de usar os xterms do Cygwin em vez da janela de comando do Windows, já que a compatibilidade do terminal não é boa o suficiente para executar tudo o que eu gostaria nessa janela e assim por diante.

Na verdade, adotei o msysgit no shell de comando do Windows para não precisar usar uma janela separada para criar, mas isso tem ainda mais problemas: a falta decd - e a conclusão do arquivo está me matando, a maioria dos comandos que eu gostaria de canalizar não estão presentes, etc.

Então, se eu mudar para o git de Cygwin, ou pior, usar os dois em momentos diferentes, os finais de linha vão me morder? O git de Cygwin espera que tudo seja\n e acho que está vendo mudanças porque o mSysGit foi convertido para\r\n no check-out? O git de Cygwin será visto como\n e confunda meu Windows Eclipse, que tenho certeza que quer que tudo seja\r\n?

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