Portanto, para me manter organizado, tenho vários arquivos javascript, mesmo que todos (no final) sejam minificados juntos para formar um arquivo javascript final.

O conteúdo de cada arquivo está agrupado em:

$(document).ready(function(){
    //some javascript here
});

Parece que se eu tiver coisas em arquivos separados (entre esse código) elas não terão acesso uma à outra. Esse é um problema de escopo? O que eu posso fazer?

Por exemplo, em um arquivo, eu tinha um monte de código para criar tabelas a partir de dados recebidos através do ajax. No entanto, metade do arquivo era apenas um modelo de como exibir os dados, dependendo dos tipos e tipos. Eu gostaria de ter os modelos em seu próprio arquivo.

Entendo que este é apenas um problema de 'preferência' e que eu poderia ter tudo isso em um arquivo.

Mas espero aprender com isso e talvez até conseguir do meu jeito.