Problema na conversão de uma lista longa de data.frames (~ 1 milhão) em data.frame único usando do.call e ldply

Eu sei que existem muitas perguntas aqui no SO sobre maneiras de converter uma lista de data.frames em um único data.frame usando do.call ou ldply, mas essa pergunta é sobre como entender o funcionamento interno dos dois métodos e tentar descobrir por que não consigo trabalhar para concatenar uma lista de quase 1 milhão de df da mesma estrutura, mesmos nomes de campo etc. em um único data.frame. Cada data.frame é de uma linha e 21 coluna

Os dados começaram como um arquivo JSON, que converti em listas usando fromJSON, depois executamos outra lapply para extrair parte da lista e convertidos em data.frame e terminamos com uma lista de data.frame

Eu tentei

df <- do.call("rbind", list)
df <- ldply(list)

mas tive que interromper o processo depois de deixá-lo funcionar por até 3 horas e não receber nada de volt

Existe um método mais eficiente de fazer isso? Como posso solucionar o que está acontecendo e por que está demorando tanto?

FYI - Estou usando o servidor RStudio em um servidor quad-core de 72 GB com RHEL, então não acho que a memória seja o problema. sessionInfo abaixo:

> sessionInfo()
R version 2.14.1 (2011-12-22)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] multicore_0.1-7 plyr_1.7.1      rjson_0.2.6    

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.14.1
> 

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