Por que o Git não está rastreando alterações em um subdiretório?

Eu criei o repositório git, adicionei o código e o enviei ao GitHu

Em seguida, localmente, editei o arquivoEila.Analyser/Program.cs, adicionado ao GitHub na primeira confirmação, salvou-o egit status diz que não há alterações.

Ok, acho que deve ter estragado alguma coisa,git reset --hard HEAD e, pelo que entendi, isso deve reverter tudo, mas meu arquivo não é revertid

Então eu acho que estou fazendo algo errado. Eu edito o arquivo na pasta raiz,git status - mostra que há alterações, funciona como suspeito e funciona em arquivos na pasta raiz, mas não nas subpasta

Estou perdendo algo óbvio aqui?

UPDATE: Evidências, esse arquivo que estou editando foi realmente confirmado git log --stat):

se ajudar, imagem da árvore:

UPDATE2: Ok, eu pensei que tinha realmente estragado alguma coisa, então eu apaguei a pasta, onde estava minha solução, clonei mais uma vez o gitHub e meu código local ainda difere de existir no gitHub e o status do git não vê alterações,git log origin/master..HEAD não dá nada.

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