No Magento 1.4, estou usando com sucesso este código para marcar um pedido como Concluído e adicionar um código de rastreamento de remessa:

$order = Mage::getModel('sales/order')->loadByIncrementId($increment_id);

if($order->canShip())
{
$itemQty =  $order->getItemsCollection()->count();
$ship = Mage::getModel('sales/service_order', $order)->prepareShipment($itemQty);
$ship = new Mage_Sales_Model_Order_Shipment_Api();
$shipmentId = $ship->create($increment_id);
}

$shipment_collection = Mage::getResourceModel('sales/order_shipment_collection');
$shipment_collection->addAttributeToFilter('order_id', $order_id);

foreach($shipment_collection as $sc) {
    $shipment = Mage::getModel('sales/order_shipment');
    $shipment->load($sc->getId());
    if($shipment->getId() != '') { 
        $track = Mage::getModel('sales/order_shipment_track')
                 ->setShipment($shipment)
                 ->setData('title', $type)
                 ->setData('number', $code)
                 ->setData('carrier_code', 'custom')
                 ->setData('order_id', $shipment->getData('order_id'))
                 ->save();
        }
} 

Está funcionando corretamente, mas não consigo encontrar o código certo. Preciso enviar e-mail de confirmação de remessa ao cliente, como quando você marca a caixa certa e valida a remessa no magento back-en

Muito obrigado antecipadamente por sua ajuda.