Médias computacionais por grupos com R

Tenho dados com os quais gostaria de calcular algumas estatísticas. Os dados são organizados de forma que eu tenha um valor correspondente a cada tupla de três elementos. Algo como

(P1,M1,R1,V1)
(P1,M1,R2,V2)
(P1,M2,R1,V1)
...

aqui P1, M1 e R1 não são numéricos, mas V1 e V2 são. No momento, tenho os dados em um arquivo csv, x2.cvs, da seguinte maneira:

P,M,R,V
P1,M1,R1,V1
P1,M1,R2,V2
...

Li os dados usando

d = read.table("x2.csv", sep=",", header=TRUE)

mas depois disso não sei o que fazer para processar os dado

Gostaria de começar por calcular informações simples como: qual é a média para cada elemento de P (para que a média esteja acima de todos os elementos de M e R) ou para cada par de elementos de {P, M} (então a média aqui seria sobre os elementos de R.

Em seguida, eu gostaria de fazer coisas um pouco mais complicadas, como calcular quantos elementos de P1 são maiores que algum valor especificad

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