Estou usandojline e eu tenho um bomConsoleReader e tudo funciona muito bem. No entanto, se você estiver digitando algo no prompt e houver saída no stdout (de outro encadeamento), a saída dividirá a palavra / comando que você está digitando.

Como posso manter ojline na parte inferior do terminal?

Estou usandojline 1, mas estou aberto a usarjline 2 se for suficientemente estáve