O scanner Java não está passando pelo arquivo inteiro

Estou escrevendo um programa em Java e uma das coisas que preciso fazer é criar um conjunto de todos os locais válidos para um problema de caminho mais curto. Os locais são definidos em um arquivo .txt que segue um padrão estrito (uma entrada por linha, sem espaço em branco extra) e é perfeito para usar .nextLine para obter os dados. Meu problema é que, com 241 linhas no arquivo (de 432), o scanner para de trabalhar 3/4 da entrada e não reconhece novas linha

Meu código:

    //initialize state space
private static Set<String> posible(String posLoc) throws FileNotFoundException {
    Scanner s = new Scanner(new File(posLoc));
    Set<String> result = new TreeSet<String>();
    String availalbe;
    while(s.hasNextLine()) {
        availalbe = s.nextLine();
        result.add(availalbe);
    }
    s.close();
    return result;
}

Os dado

Shenlong Gundam
Altron Gundam
Tallgee[scanner stops reading here]se
Tallgeese II
Leo (Ground)
Leo (Space)

Claro, "o scanner para de ler aqui" não está nos dados, estou apenas marcando onde o scanner para de ler o arquivo. São 3068 bytes no arquivo, mas isso não deve afetar nada, pois no mesmo programa, com código quase idêntico, estou lendo um arquivo .txt de 261 linhas e 14 KB que codifica os caminhos. Qualquer ajuda seria apreciada

Obrigado

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