Então neste pedaço de código:

//Actions performed when an event occurs.
    public void actionPerformed(ActionEvent event) 
    {
        String command = event.getActionCommand();

        //If btnConvertDocuments is clicked, the FileConverter method is called and the button is then disabled [so as to prevent duplicates].
        if (command.equals("w"))
        {
            new Thread(new Runnable() 
            {
                public void run() 
                {
                    FileConverter fc = new FileConverter();

                }
             }).start();
            btnConvertDocuments.setEnabled(false);
            //Validation message ensuring completion of the step.
            JOptionPane.showMessageDialog(this, "Step 1 Complete!", "Validation", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
        }

Parece que a janela de diálogo aparece muito rápido, antes que o método FileConverter nem sequer termine de ser chamado. Gostaria de saber se o posicionamento do JOptionPane estava correto ou se havia uma maneira de atrasar uma mensagem até que o método concluísse o processamento?