Leitura e configuração de valores de índice z com o jQuery nos navegadores Webkit
jQuery("#X").css("z-index"); sempre retorna "auto" nos navegadores Webkit. Funciona bem no Firefox.
Parece também que você não pode definir o z-index com algo como:jQuery("#X").css("z-index",5);
Caso de teste a seguir:
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>jQuery CSS Z-index Fail</title>
<script src="http://code.jquery.com/jquery-1.6.1.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
$("#X").css("z-index",5);
$("#Y").append($("#X").css("z-index"));
});
</script>
<style type="text/css">
h1 {z-index: 3;}
</style>
</head>
<body>
<h1 id="X">Some Text</h1>
<div id="Y"> Z-index is: </div>
</body>
</html>