Merge duas imagens com transparências em PHP

Estou tentando criar uma imagem composta de vários .png com transparências de fundo via php e armazenar a imagem resultante no meu banco de dados. Meu problema é que as seções transparentes das minhas imagens estão sendo descartadas quando mesclo as imagen

Este é o meu código para criar a imagem composta:

    $base = imagecreatefrompng('application/assets/images/vel1_bg.png');
    imagealphablending($base, true);
    list($baseWidth, $baseHeight, $type, $attr) = getimagesize('application/assets/images/vel1_bg.png');

    $user_board_items = $this->config->item('user_board_items');

    foreach($array as $key => $value){
        $item = imagecreatefrompng('application/assets/images/items/' . $user_board_items[$value[0]] . '.png');         
        imagealphablending($item, true);
        list($width, $height, $type, $attr) = getimagesize('application/assets/images/items/'. $user_board,_items[$value[0]] . '.png');

        imagecopymerge($base,
                    $item,
                    floor(($value[1] / 100) * $baseWidth),
                    floor(($value[2] / 100) * $baseHeight),
                    0,
                    0,
                    $width,
                    $height,
                    100);
        imagedestroy($item);
    }

    //We have to capture the output buffer
    ob_start();
    imagepng($base);
    $baseimg = ob_get_clean();

Isso produz uma imagem como esta:

E eu estou procurando algo mais como este: (Observe como as seções transparentes são representadas)

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