Java Erro ao abrir a chave do registro

Eu recebo este erro quando tento fazer algo com Java no prompt de comando:

Error opening registry key 'Software\JavaSoft\Java Runtime Environment.3'
Error: could not find Java.dll
Error: could not find Java 2 Runtime Environment

Eu me atrapalhei ao excluir diretórios e registros Java alguns dias atrás. Eu reiniciei o computador e o java ainda estava funcionando bem, então reiniciei novamente hoje e agora recebo esse erro. Tentei desinstalar e reinstalar, mas isso não parece funcionar. Eu tenho o JRE java mais recente instalado e o caminho definido nas variáveis de ambiente. Alguém tem alguma idéia de como consertar isso?

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