Esta pergunta já tem uma resposta aqui:

Para questão do loop:

in1 = open('file_1', 'r')
in2 = open('file_2', 'r')
outf = open('out_file', 'w')


for line in in1:
    s = line.split('\t')
    A = s[1][:-1]
    B = s[0]
    counter = 0
    for line in in2:
        ss = line.split('\t')
        if A == ss[0] or A == ss[1]:
            counter += 1
    outf.write('%s\t%s\t%s\n'%(A,B,counter))

O problema é que ele só está passando porfor line in in2: pela primeira vezline in in1. Não consigo entender o porquê.