pacote @HTML Agility remove o fechamento da tag de interrupção

Estou criando um documento HTML usando o pacote de agilidade HTML. Carrego um arquivo de modelo e depois anexo o conteúdo. Tudo isso funciona, mas, quando visualizo o arquivo de saída, ele removeu a marca de fechamento do meu<br/> tags para ficar assim<br>. O quê está causando isto

Dim doc As New HtmlDocument()
doc.Load(Server.MapPath("Template.htm"))

Dim title As HtmlNode = doc.DocumentNode.SelectSingleNode("//title")

title.InnerHtml = title.InnerHtml & "CEU Classes"
Dim topContent As HtmlAgilityPack.HtmlNode = doc.GetElementbyId("topContent")

topContent.InnerHtml = html.ToString
doc.OptionWriteEmptyNodes = True
doc.Save(outputFileName, Encoding.UTF8)

Mais informações

Ele estava removendo minhas tags de imagem de fechamento, depois que adicioneidoc.OptionWriteEmptyNodes = True, está fazendo iss

Atualiza

Este é o meu código como está agora, que remove a tag BR de fechamento

Dim html As String = "Words<br/>more words"
Dim doc As New HtmlDocument()
Dim title As HtmlNode
Dim topContent As HtmlNode

HtmlNode.ElementsFlags("br") = HtmlElementFlag.Empty
doc.Load(Server.MapPath("Template.htm"))

Title = doc.DocumentNode.SelectSingleNode("//title")
title.InnerHtml = title.InnerHtml & "CEU Classes"

topContent = doc.GetElementbyId("topContent")
topContent.InnerHtml = html.ToString

doc.OptionWriteEmptyNodes = True
doc.Save(outputFileName, Encoding.UTF8)

Update 2

Acabei de ler no meu arquivo de modelo como uma string padrão e depois carregar o html como este

Dim TemplateHTML As String = File.ReadAllText(Server.MapPath("Template.htm"))

TemplateHTML = TemplateHTML.Insert(TemplateHTML.IndexOf("<div id=""topContent"">") + "<div id=""topContent"">".Length, _
                                   html.ToString)

doc.LoadHtml(TemplateHTML)

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