Por exemplo,

Este é o index.php

<?
require_once('header.php');
?>

O header.php pode saber que foi incluído pelo index.php?

--EDITAR--

Encontrei uma solução:

function backtrace_filename_includes($name){
    $backtrace_array=debug_backtrace();
    if (strpos($backtrace_array[1]['file'],$name)==false){
        return false;
    }else{
        return true;
    }
}

header.php

<?
if (backtrace_filename_includes('index.php')) echo "index.php";
?>