Estou consultando um banco de dados em R usando RJDBC. As consultas são construídas a partir de dados que são lidos em um arquivo. Essas consultas podem ser muito longas e podem incluir colunas inexistentes (resultando em um erro).

Abaixo está um exemplo simplificado, ele recebe o arquivo como entrada e executa 2 consultas geradas a partir do arquivo.

table     column
drinks    cost
drinks    sugar
drinks    volume
food      cost

SELECT column, cost, sugar FROM drinks;
SELECT cost FROM food;

Como essas consultas podem demorar muito, os erros do banco de dados geralmente são truncados antes das informações úteis. Um dos meus erros atuais é o seguinte:

ERRO [2018-05-16 16:53:07] Erro ao processar a tabela data_baseline_biosamples para a mensagem de erro original DAR-2018-00008: Erro em .verify.JDBC.result (r, "Não é possível recuperar o conjunto de resultados JDBC para",: Não é possível para recuperar o conjunto de resultados JDBC para SELECT ed.studyid, {lista muito longa de colunas}, ct.nmr_xl_vldl_pl, ct.nmr_xl_

Como o erro do banco de dados inclui toda a consulta antes das informações principais, o truncamento remove informações valiosas para resolver o problema.

Nesse caso, a mensagem de erro provavelmente termina com algo como isto:

(linha 1, a tabela 'data_biosamples' pertencente a 'littlefeltfangs' não contém a coluna 'sample_source'.)

Como gravar a mensagem de erro completa enviada pelo banco de dados ou extrair a parte final dessa mensagem?

Estou capturando o erro em um tryCatch e passando o erro para um arquivo de log usando futile.logger. O comprimento total do erro quando truncado é 8219 caracteres, com 8190 dos que parecem pertencer ao banco de dados.