Estamos usando o git para controle de origem.

Se eu der uma olhada no histórico de arquivos específico (usandogit log --pretty=format:"%h %ad" --date=short <filename>), Vejo algo assim:

HashOfCommitA 2018-01-15
HashOfCommitB 2018-01-09
HashOfCommitC 2018-01-05
<older commits>

CommitA e CommitB são confirmações de mesclagem.

Nas mudanças do CommitB (git diff HashOfCommitB <filename>), há duas novas linhas adicionadas ao arquivo. Nas alterações do CommitA, essas linhas não são afetadas, mas se eu examinar o conteúdo do arquivo após a mesclagem do CommitA, duas novas linhas adicionadas no CommitA estarão ausentes.

Basicamente, quando olho para o histórico do arquivo, vejo em um ponto que algo foi adicionado, mas após a próxima confirmação, ela está ausente e não vejo a exclusão dessas linhas nas alterações de confirmação.

Pode ser porque a mesclagem foi feita com uma versão mais antiga de uma ramificação (sem o CommitB)? Como posso encontrar onde essas linhas foram excluídas?

Em outras palavras, como isso é possível? Existem boas maneiras de evitar essa situação no futuro?