Inclusão do .NET CORE 2 EF

Estou usando o novo núcleo .net e EF.

Preciso de ajuda com o comando include linq. Eu tenho alguns modelos 1: N e se a coleção contiver alguns dados marcados como excluídos, não quero incluí-los.

Como fazer isso?

var company = await _context.Company
                .Include(y => y.Administrators)
                .Include(y => y.CompanyPartTimers)
                .Include(z => z.WorkPlaces)
                .Include(z => z.Requirements)
                .FirstAsync(x => x.Id == id);

Se eu adicionar a condição

.Include(z => z.WorkPlaces).Where(x=>x.WorkPlaces.Where(x=>!x.IsDeleted))

Isso não funciona. Como escrever isso corretamente?

A próxima coisa é que eu tenho interface IDeletable e seria melhor se eu tivesse alguma expressão linq personalizada e pudesse fazer por ex.

.Include(z => z.WorkPlaces).GetNonDeleted()

Alguém sabe como fazer isso? Eu tentei algo assim

public static class LinqExtension
    {
        public static IEnumerable<T> GetActive<T>(this IEnumerable<T> source) where T : class, IDeletable
        {
            return source.Where(x => x.IsDeleted);
        }
    }

Obrigado rapazes.