Para um aplicativo Web, mudei de usar a associação do ASP.NET para usar meu próprio sistema de logon, que faz algo parecido com isto para marcar um usuário como logado:

Session["UserId"] = User.Id

É possível armazenar o ID do usuário no cookie ASPXAUTH, pegando carona em sua criptografia, em vez de usar a sessão padrão?

O objetivo é que o estado conectado dure mais que uma sessão e sobreviva às reinicializações do navegador e do servidor.