Isso é estranho.

apply( matrix(c(1,NA,2,3,NA,NA,2,4),ncol = 2), 1, function(x) identical(x[1], x[2]) )
#[1] FALSE  TRUE  TRUE FALSE
apply( data.frame(a = c(1,NA,2,3),b = c(NA,NA,2,4)), 1, function(x) identical(x[1], x[2]) )
#[1] FALSE FALSE FALSE FALSE
apply( as.matrix(data.frame(a = c(1,NA,2,3),b = c(NA,NA,2,4))), 1, function(x) identical(x[1], x[2]) )
#[1] FALSE FALSE FALSE FALSE

Isso ocorre devido ao atributo de nomes, conforme indicado abaixo por joran. Posso obter o resultado esperado por:

apply( data.frame(a = c(1,NA,2,3),b = c(NA,NA,2,4)), 1, function(x) identical(unname(x[1]), unname(x[2])) ) 

ou:

apply( data.frame(a = c(1,NA,2,3),b = c(NA,NA,2,4)), 1, function(x) identical(x[[1]], x[[2]]) ) 

Existe uma maneira mais natural de abordar isso? Parece que deve haver uma opção para ignorar atributos, como em all.equal ().