Aqui está o código, é muito simples:

<code><?php
$tab = array (
    (object)array( 'id' => 1,),
    (object)array( 'id' => 4,),
    (object)array( 'id' => 12,),
    (object)array( 'id' => 22,),
    (object)array( 'id' => 25,),
);

$tab_json = array (
    (object)array( 'id' => 1,),
    (object)array( 'id' => 4,),
    (object)array( 'id' => 12,),
    (object)array( 'id' => 22,),
    (object)array( 'id' => 25,),
    (object)array( 'id' => 2,),
);
$difference = array_udiff($tab_json, $tab, function($a, $b) {
    echo $a->id." <-> ".$b->id."\n";
    return (count(array_diff_assoc(get_object_vars($a), get_object_vars($b))))>0;
});
?>
</code>

Aqui está a saída:

<code>12 <-> 4
12 <-> 1
12 <-> 22
12 <-> 25
2 <-> 12
4 <-> 25
4 <-> 1
22 <-> 4
25 <-> 1
12 <-> 4
12 <-> 1
12 <-> 22
25 <-> 12
4 <-> 22
1 <-> 4
1 <-> 22
1 <-> 4
1 <-> 1
1 <-> 25
25 <-> 4
25 <-> 1
25 <-> 12
25 <-> 25
25 <-> 4
4 <-> 1
4 <-> 12
4 <-> 25
4 <-> 22
22 <-> 1
22 <-> 12
22 <-> 25
22 <-> 12
12 <-> 1
12 <-> 12
12 <-> 2
2 <-> 12
2 <-> 25
</code>

Eu não entendo como isso é computado: veja12: é comparado mais de 10 vezes (ao passo que, pelo que entendi, deve ser comparado não mais do que o número de elementos da segunda matriz), e além disso é comparado três vezes com1!

Testado em:

<code>PHP 5.3.9
PHP 5.3.2-1ubuntu4.14
</code>