Como você deve saber,msiexec é um aplicativo de linha de comando que você pode usar para instalar um arquivo MSI. Como você deve saber, você pode executá-lo no modo silencioso ou invisível.

Se o instalador exigir que o usuário responda perguntas específicas sobre quais peças instalar, existe alguma maneira de colocar na linha de comando msiexec uma série de opções para fazer isso?

Eu acho que deve haver algum tipo de maneira de definir as configurações padrão do arquivo MSI para que isso aconteça. Como são criados os arquivos MSI? Eles são desenvolvidos por meio de ferramentas da Microsoft? Eles podem ser abertos e editados?