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Eu tenho o Ubuntu 16.04 e após a atualização da versão R para 3.4.1, ele não vê meus pacotes, embora também tenham sido atualizados:

> library(dplyr)
Error in library(dplyr) : there is no package called ‘dplyr’

Os pacotes estão lá:

$ ls ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/ | grep plyr
dplyr
plyr

Minhas.libPaths:

> .libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"       "/usr/lib/R/library" 

Configuração.libPaths o caminho desejado faz a coisa apenas para uma sessão. Eu gostaria que fosse permanente.

Eu também tentei definir as variáveisR_LIBS, R_LIBS_SITE eR_LIBS_USER para o caminho desejado, conforme indicadoaqui mas funcionou apenas no console (não funcionou no RStudio).