Programação iniciante aqui precisa de alguma ajuda para modificar um script AWK para torná-lo condicional. Soluções alternativas não-awk também são muito bem vindas.

NOTA A filtragem principal está funcionando agora graças à ajuda do Birei, mas eu tenho um problema adicional, veja a nota abaixo em questão para detalhes.

Eu tenho uma série de arquivos de entrada com 3 colunas assim:

chr4    190499999   190999999
chr6    61999999    62499999
chr1    145499999   145999999

Eu quero usar essas linhas para filtrar outro arquivo (refGene.txt) e se uma linha no arquivo um mathces uma linha em refGene.txt, para saída de coluna 13 em refGene.txt para um novo arquivo 'ListofGenes_ $ f'. A parte complicada para mim é que eu quero que ela conte como uma correspondência, desde que a coluna um (por exemplo, 'chr4', 'chr6', 'chr1') e a coluna 2 AND / OR coluna 3 correspondam às colunas equivalentes no refGene. arquivo txt. As colunas equivalentes entre os dois arquivos são $ 1 = $ 3, $ 2 = $ 5, $ 3 = $ 6. Então eu não tenho certeza no awk como não imprimir a linha inteira de refGene.txt, mas apenas a coluna 13.

NOTA Eu consegui a filtragem condicional descrita acima graças à ajuda da Birei. Agora preciso incorporar uma condição de filtro adicional. Eu também preciso enviar a coluna $ 13 do arquivo refGene.txt se qualquer região entre o valor $ 2 e $ 3 se sobrepuser à região entre $ 5 e $ 6 no arquivo refGene.txt. Isso parece muito mais complicado, pois envolve computação matemática para ver se as regiões se sobrepõem.

Meu script até agora:

FILES=/files/*txt   
for f in $FILES ;
do

    awk '
        BEGIN {
            FS = "\t";
        }
        FILENAME == ARGV[1] {
            pair[ $1, $2, $3 ] = 1;
            next;
        }
        {
            if ( pair[ $3, $5, $6 ] == 1 ) {
                print $13;
            }
        }
    ' $(basename $f) /files/refGene.txt > /files/results/$(basename $f) ;
done

Qualquer ajuda é muito apreciada. Muito obrigado!

Rubal