Estou tentando fazer algo semelhante a um post antigo:plotagem - postagem original

Para minha análise, estou interessado em saber se diferentes hospedeiros de mamíferos têm diferentes comunidades de pulgas. O post original ao qual vinculei tem 2 soluções diferentes para as elipses. Meu problema é quando eu executo a 1ª solução e, em seguida, a solução geral, fico com gráficos muito diferentes enquanto acho que devem ser muito semelhantes. Abaixo está o meu código.

Minha pergunta é: Estou fazendo algo incorretamente ou qual código produz a figura correta? Ou existe um novo código melhor que eu deveria usar para exibir diferenças nas comunidades de pulgas por espécie hospedeira?

Obrigado Amanda

Link paraARG_comm data Link paraARG_env dados

library(vegan)
library(BiodiversityR)
library(MASS)

comm_mat <- read.csv("d:/fleaID/ARG_comm.csv",header=TRUE)
env <- read.csv("d:/fleaID/ARG_env.csv",header=TRUE)

library(ggplot2)
sol <-metaMDS(comm_mat)
MyMeta=env

#originalresponse
NMDS = data.frame(MDS1 = sol$points[,1],     MDS2=sol$points[,2],group=MyMeta$host)
NMDS.mean=aggregate(NMDS[,1:2],list(group=NMDS$group),mean)

veganCovEllipse<-function (cov, center = c(0, 0), scale = 1, npoints = 100) 
{
  theta <- (0:npoints) * 2 * pi/npoints
  Circle <- cbind(cos(theta), sin(theta))
  t(center + scale * t(Circle %*% chol(cov)))
}

df_ell <- data.frame()
for(g in levels(NMDS$group)){
  df_ell <- rbind(df_ell, cbind(as.data.frame(with(NMDS[NMDS$group==g,],
                                                   veganCovEllipse(cov.wt(cbind(MDS1,MDS2),wt=rep(1/length(MDS1),length(MDS1)))$cov,center=c(mean(MDS1),mean(MDS2)))))
                                ,group=g))
}

ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2)) + geom_point(aes(color = group)) +
  geom_path(data=df_ell, aes(x=MDS1, y=MDS2,colour=group), size=1, linetype=2)+
  annotate("text",x=NMDS.mean$MDS1,y=NMDS.mean$MDS2,label=NMDS.mean$group)

#update - can use se (standard error) or sd (standard dev)
#update
NMDS = data.frame(MDS1 = sol$points[,1], MDS2 =        sol$points[,2],group=MyMeta$host)

plot.new()
ord<-ordiellipse(sol, MyMeta$host, display = "sites", 
             kind = "se", conf = 0.95, label = T)

df_ell <- data.frame()
for(g in levels(NMDS$group)){
  df_ell <- rbind(df_ell, cbind(as.data.frame(with(NMDS[NMDS$group==g,],
                                                   veganCovEllipse(ord[[g]]$cov,ord[[g]]$center,ord[[g]]$scale)))
                            ,group=g))
}

ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2)) + geom_point(aes(color = group)) +
geom_path(data=df_ell, aes(x=NMDS1, y=NMDS2,colour=group), size=1, linetype=2)