Intuitivamente, estou procurando algo como:facet_(scales="free_color")

Eu faço algo como

p <- ggplot(mpg, aes(year, displ, color=model)) + facet_wrap(~manufacturer)
p + geom_jitter()

Ou seja: plotar medidas 2D de indivíduos (model) pertencentes a diferentes espécies (manufacturer) facetada por uma espécie, indicando o indivíduo por cor. O problema é que todos os indivíduos compartilham a mesma escala de cores - para que os pontos em uma faceta tenham cores muito semelhantes.

Usar a estética do grupo com geom_line resolveria o problema, mas as linhas contam histórias diferentes dos pontos.

Outra solução óbvia seria descartar a faceta e desenhar um gráfico separado para cada subconjunto. (Se essa for a única solução: existem maneiras rápidas, inteligentes ou comprovadas de fazer isso?)