Meu cenário:

Um modelo PDF com campos de formulário: template.pdfUm arquivo XFDF que contém os dados a serem preenchidos: fieldData.xfdf

Agora eu preciso ter esses arquivos combinados e achatados. O pdftk faz o trabalho facilmente no php:

exec("pdftk template.pdf fill_form fieldData.xfdf output flatFile.pdf flatten");

Infelizmente, isso não funciona com suporte total ao utf-8. Por exemplo: letras cirílicas e gregas são embaralhadas. Eu usei o Arial para isso, com um conjunto de caracteres unicode.

Como posso achatar meus arquivos unicode?Existe alguma outra ferramenta pdf que ofereça suporte unicode?O pdftk possui um comutador unicode que está faltando?

EDIT 1: Como essa pergunta não foi resolvida por mais de 9 meses, decidi iniciar uma recompensa por isso. Caso haja opções para patrocinar um recurso ou uma correção de bug no pdftk, ficaria feliz em doar.

EDIÇÃO 2: Não estou mais trabalhando neste projeto, portanto não posso verificar novas respostas. Se alguém tiver um problema semelhante, fico feliz por poder responder a meu favor.