Estou operando matrizes com R 3.1 e RStudio 0.99.

Eu tenho o meu script R e com cmd + enter ele funciona sem problemas.

Criei um Rmd para relatórios, mas tenho este erro

Error in lazyLoadDBinsertVariable(vars[i], from, datafile, ascii, compress,  : 
  long vectors not supported yet: ../../../../R-3.3.1/src/main/connections.c:5600
Calls: <Anonymous> ... <Anonymous> -> <Anonymous> -> lazyLoadDBinsertVariable
Execution halted

Existe uma maneira de ignorar esse erro?

Este parece ser um dupado deMatrizes grandes em R: vetores longos ainda não suportados

mas a diferença é que isso só acontece ao tentar criar um Rmd, não em nenhum outro caso