A plotagem no Matlab é muito fácil e direta. Por exemplo:

figure('Position_',[100,80,1000,600])         
plot(x,y1,'-.or','MarkerSize',0.2,'MarkerFaceColor','r','LineWidth',2)
xlabel('Matrix1')
ylabel('Matrix2')
grid on 
hold on
axis([-1,1,0,var1*1.2])
plot(x,y2,'-k','MarkerSize',0.5,'MarkerFaceColor','k','LineWidth',4)
title('My plot')
figuresdir = 'dir'; 
saveas(gcf,strcat(figuresdir, 'plotimage'), 'bmp');

Descobri, no entanto, que a plotagem em Java é mais difícil e tenho que usar pacotes comoJMathPlot ouJFreeChart. No entanto, acho difícil mesclar plotagens e imprimi-las em um arquivo usando esses pacotes.

Existe uma maneira fácil de criar plotagens em Java que usem (aproximadamente) a mesma sintaxe que o Matlab?