(Atualização 3 do VS2015 + patch)

Eu tenho um aplicativo de console .NET simples (.NET 4.6) e faço referência a uma biblioteca de classes principais do .NET direcionada ao NetStandard v1.3. A biblioteca de classes tem uma referência ao Newtonsoft.JSON.

{
  "version": "1.0.0-*",

  "dependencies": {
    "NETStandard.Library": "1.6.0",
    "Newtonsoft.Json": "9.0.1"
  },
  "buildOptions": { "platform": "anycpu" },

  "frameworks": {
    "netstandard1.3": {
      "imports": "dnxcore50"
    }
  }
}

O pacote NewtonSoft.JSON referenciado é implantado aqui:

C: \ Users \ UserAccount \ .nuget \ packages \ Newtonsoft.Json \ 9.0.1

A exceção:

Ocorreu uma exceção sem tratamento do tipo 'System.IO.FileNotFoundException' no DotNetConsoleApplication.exe

Informações adicionais: Não foi possível carregar o arquivo ou assembly 'Newtonsoft.Json, Versão = 9.0.0.0, Culture = neutral, PublicKeyToken = 30ad4fe6b2a6aeed' ou uma de suas dependências. O sistema não pode encontrar o arquivo especificado.

Eu acho que a lib do núcleo .net faria referência à dll da pasta netstandard1.0.