Eu tenho a seguinte configuração:

<android.support.design.widget.NavigationView
    style="@style/NavigationView"
    android:layout_width="wrap_content"
    android:layout_height="match_parent"
    android:layout_gravity="start"
    app:itemTextAppearance="@style/DrawerTextAppearance"
    app:menu="@menu/drawer"/>

menu / drawer.xml

<menu>    
    <item
        android:id="@+id/messages_item"
        android:icon="@drawable/ic_notifications_neg"
        app:actionLayout="@layout/counter"
        android:title="@string/message_center"/>

    <item
        android:id="@+id/search_item"
        android:icon="@drawable/ic_search_neg"
        android:title="@string/search"/>
</menu>

layout / counter.xml

<TextView
    xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
    android:layout_width="26dp"
    android:layout_height="26dp"
    android:text="55"
    style="@style/Bubble"/>

estilo:

<style name="Bubble" parent="android:Widget.TextView">
    <item name="android:gravity">center</item>
    <item name="android:layout_gravity">center_vertical</item>
    <item name="android:textColor">@android:color/white</item>
    <item name="android:background">@drawable/bubble</item>
</style>

isso produz o seguinte resultado:

a bolha é mostrada na parte superior, apesar da configuração de gravidade do estilo.

Como posicionar o actionLayout no meio de um item de menu?