Vamos ver o que é

Crie dois repositórios gitsub & test

mkdir test sub
cd test && git init && touch README && git add README && git commit -m "initialize the git repo" && cd ..
cd sub && git init && touch README && git add README && git commit -m "initialize the sub git repo" && cd ..

Mova osub repo emtest

mv sub test
cd test 
git add sub
git commit -m "add sub directory"

Quero tratá-los como um repositório Git e enviá-los remotamente, mas agora os arquivos emsub diretório não pode ser incluído?

Como posso conseguir isso de maneira simples, como tratar sub como diretório normal?

Caso de uso para isso

Tento adicionar minha pasta de dados jenkins (JENKINS_HOME) nas imagens do Docker usandoDockerfile para demonstração. (ADD JEKINS_HOME /opt/jenkins)

JENKINS_HOME
Dockerfile

Meu jenkin templugin de scriptler que contém o repositório git para sua finalidade. Existe no meu repositório de imagem docker, como abaixo

$ find jenkins-docker
./.git
./.git/.. (skipped
./Dockerfile
./JENKINS_HOME
./JENKINS_HOME/scriptler
./JENKINS_HOME/scriptler/scripts
./JENKINS_HOME/scriptler/scripts/.git
./JENKINS_HOME/scriptler/scripts/.git/... (skipped)
./JENKINS_HOME/scriptler/scripts/Sample.groovy
./JENKINS_HOME/... (skipped)
./README