Já fiz essa pergunta antes e parecia que o código que eu estava usando era bastante confuso. Portanto, esta é uma versão praticamente simplificada do mesmo código. Eu desenho um quadrado na tela usando a função add. Da mesma forma, eu devo conseguir remover o item da tela usando a função remover! Infelizmente, isso não parece acontecer.

Aqui está o código

$(window).addEvent('load',function(){


CANVAS.init({ canvasElement : 'canvas' });
CANVAS.layers.add( new Layer({
    id : 'myLayer'
}));

var colors = [
    'rgba(255,0,0,1)',
    ];

var pos = [
    { x: 150, y : 100 },
]

       var foo = new CanvasItem({
        id : 'item',
        x : pos[0].x,
        y : pos[0].y,
        fillStyle : colors[0],
        events : {
            onDraw : function(ctx)
            {
                ctx.fillStyle = this.fillStyle;
                ctx.fillRect(this.x,this.y,200,200);
            }
        }
    });

CANVAS.layers.get('myLayer').add(foo);
CANVAS.draw();
CANVAS.layers.get('myLayer').remove(foo);
CANVAS.draw();
    });

Também pode ser visto aqui éjsfiddle

A biblioteca que estou usando para implementar isso é através da biblioteca de telas do mootools.Aqui está o link das funções.

Espero que isso ajude as pessoas a receber minha consulta. Sinta-se à vontade para fazer perguntas se você ainda está pensando sobre o que exatamente é o meu problema! obrigado

EDIT: Há um erro na biblioteca. Encontre o link para o código corrigido abaixo nos comentários da resposta. Obrigado.