A execução instantânea do Android Studio 2.1 não está atualizando o aplicativo no dispositivo

Eu observei um problema com o AndroidStudio 2.1. Quando executo o aplicativo com pequenas alterações no código java, ele não atualiza o aplicativo no dispositivo algumas vezes. Em vez disso, mostra uma mensagem

Não há alterações para implantar // (não mostrar novamente)

Estou perdendo alguma coisa aqui? Como uma solução alternativa, faço uma compilação limpa todas as vezes para refletir as alterações no aplicativo.