Impedir a execução de .htaccess da pasta pai

Eu tenho dois sites diferentes no mesmo domínio, por exemplo:
Primeiro site no diretório raizhttp://example.com/
Segundo site na subpastahttp://example.com/site2/
Cada site tem seu próprio .htaccess
Quando entro no segundo site (http://example.com/site2/), no log de mod_rewrite, vejo o apache tentando executar .htaccess do primeiro site (http://example.com/)
Então, a questão é como evitar isso? obrigado

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