Esta pergunta já tem uma resposta aqui:

Eu deixei o hbm2ddl criar as tabelas para mim (para fins de desenvolvimento) e as colunas estão na ordem inversa dos campos da class

Como posso criar as colunas na mesma ordem que a class

Acho que as classes Java não armazenam a ordem dos campos, portanto o Hibernate simplesmente não sabe qual é a ordem na fonte (o que parece lógico se pensar em casos mais complexos

Mas, posso pelo menos pedir ao Hibernate para colocar as colunas PK e FK como primeira

Hibernate 4.0.0 (JBoss AS 7.1.2) MySQL 5.1.x