Estou usando o novoTheme.AppCompat.DayNight adicionado emAndroid Support Library 23.2

No Android 5.1, ele funciona bem.

No Android 6.0, a atividade parece usar o tema claro, mas a caixa de diálogo parece usar o tema escuro.

Classe My Application:

public class MyApplication extends Application {
    static {
        AppCompatDelegate.setDefaultNightMode(
                AppCompatDelegate.MODE_NIGHT_YES);
    }
}

Meus styles.xml

<style name="AppTheme" parent="Theme.AppCompat.DayNight">
    <item name="colorPrimary">@color/colorPrimary</item>
    <item name="colorPrimaryDark">@color/colorPrimaryDark</item>
    <item name="colorAccent">@color/colorAccent</item>
</style>

<style name="Dialog.Alert" parent="Theme.AppCompat.DayNight.Dialog.Alert"/>

Meu código para mostrar uma caixa de diálogo:

new AlertDialog.Builder(mContext, R.style.Dialog_Alert)
                .setTitle("Title")
                .setMessage("Message")
                .show();