Webpack com uma configuração de nó cliente / servidor?

Estou tentando configurar um fluxo baseado na Webpack para um aplicativo Angular2 com um servidor de back-end de nó. Depois de muitas horas batendo com a cabeça, consegui fazer o cliente construir feliz, mas não consigo descobrir como integrar agora a compilação do meu servidor. Meu servidor usa geradores, portanto, deve direcionar o ES6 e precisa apontar para um arquivo de digitação diferente (main.d.ts em vez de browser.d.ts).

Minha árvore de origem se parece;

/
-- client/
-- -- <all my angular2 bits> (*.ts)
-- server/
-- -- <all my node/express bits> (*.ts)
-- webpack.config.js
-- typings/
-- -- browser.d.ts
-- -- main.d.ts

Eu pensei que talvez apenas um tsconfig.json nas pastas de cliente e servidor funcionasse, mas sem sorte lá. Também não consigo encontrar uma maneira de obter o html-webpack-plugin para ignorar o pacote do meu servidor e não injetá-lo no index.html. Meu tsconfig e webpack atuais estão abaixo, mas alguém conseguiu que o webpack empacote uma configuração como esta? Qualquer dica será muito apreciada.

{
    "compilerOptions": {
        "target": "es5",
        "module": "commonjs",
        "moduleResolution": "node",
        "sourceMap": true,
        "declaration": false,
        "removeComments": true,
        "noEmitHelpers": false,
        "emitDecoratorMetadata": true,
        "experimentalDecorators": true
    },
    "files": [
        "typings/browser.d.ts",
        "client/app.ts",
        "client/bootstrap.ts",
        "client/polyfills.ts"
    ]
}

e meu webpack.config.js;

var Webpack = require('webpack');
var HtmlWebpackPlugin  = require('html-webpack-plugin');
var Path = require('path');

module.exports = {
  entry: {
    'polyfills': Path.join(__dirname, 'client', 'polyfills.ts'),
    'client': Path.join(__dirname, 'client', 'bootstrap.ts')
  },
  output: {
    path:     Path.join(__dirname, 'dist'),
    filename: '[name].bundle.js'
  },
  resolve: {
    extensions: ['', '.js', '.json', '.ts']
  },
  module: {
    loaders: [
      {
        test: /\.ts$/,
        loader: 'ts-loader',
        query: {
          ignoreDiagnostics: [
            2403, // 2403 -> Subsequent variable declarations
            2300, // 2300 -> Duplicate identifier
            2374, // 2374 -> Duplicate number index signature
            2375, // 2375 -> Duplicate string index signature
          ]
        }
      },
      { test: /\.json$/, loader: 'raw' },
      { test: /\.html$/, loader: 'raw' },
      { test: /\.css$/, loader: 'raw!postcss' },
      { test: /\.less$/, loSWE: 'raw!postcss!less' }
    ]
  },
  plugins: [
    new HtmlWebpackPlugin({ template: 'client/index.html', filename: 'index.html' }),
    new Webpack.optimize.CommonsChunkPlugin('common', 'common.bundle.js')
  ]
};

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