Como o Cobertura funciona com o JUnit?

Não consigo entender como a Cobertura coopera com a JUnit. Pelo que entendi a cobertura modifica o código de bytes compilado e insere nesse código de byte seus próprios comandos. Está bem. Depois disso, rodamos o framework Junit e testamos nossos testes. Alguém poderia explicar em que pontos a cobertura obtém as informações sobre quais comandos foram executados?

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